A pestisjárvány városunkban és környékén is többször pusztított. Amikor az 1739. évi veszély elmúlt, a megmenekült katolikus lakosság kívánsága és áldozatkészsége folytán a bajai magisztrátus elhatározta, hogy a városon kívül, de kis távolságban lévő helyen
Szent Rókus
tiszteletére – aki a pestises betegeket gyógyította – kápolnát épít.Vesszőfonatokkal megerősített, zsuppfödelű kápolna készült, melyre egy latin nyelvű kronosztikont helyeztek, szövege az építés idejét, az 1739-es dátumot rögzíti:
has aeDes pIabaIat ConVoVIt honorIRoChefVga pesteM perpetVoqVe faVe
(Ezen épületet a jámbor Baja fogadalombólemelte a pestistől szabadulásának örök emlékezetére.)
A kápolna körül temető alakult ki.
Az építmény a nem időtálló építőanyag miatt fél évszázad alatt leromlott. A temető szindikusa, élén Harlikovics András városi bíróval – aki egyben a Rókus-kápolna gondnoka is volt – és Auer Ádámmal azt javasolták, hogy az ideiglenes használatra épült kápolna helyett újat emeljenek. Az építést eldöntő kontraktus szerint hosszát 9, szélességét 4,5 ölben határozták meg. Szent Rókus napjára, 1795. augusztus 16-ra fejeződött be az elődök fogadalmát teljesítő impozáns kápolna építése, s ezen a napon gróf Kollonich László érsek képviseletében Ránics István bajai apátplébános pompás ünnepség keretében megáldotta.
Ott áll ma is a temető régi kápolnájának helyén a Batthyány utca (egykoron találóan Gyász utca) tengelyében, Szent Rókusnak tiszteletére épített kápolna.
A késő barokkra jellemző egyenes vonalú homlokzattagolással épített egyszerű copf kápolna tervezője és építője is ismeretlen. A kőfaragó munkákat Brezina Péter, a vas- és bádogos munkákat Kopfschauer Antal készítette. A nyugatra néző kápolna főhomlokzatán lévő félkörös záródású bal oldali falifülkében helyezték el Szent Sebestyén, a jobb oldaliban Szent Rókus szobrát. Ezeket a szép barokk kőszobrokat az időjárás erősen megrongálta. A homlokzatokat lizénás falipillérek, az oldalhomlokzatokat egy-egy vakablak és üvegezett, a belső tér megvilágítására szolgáló, íves záródású ablakok tagolják. Eredeti bejárata kissé a homlokzat elé ugrott, így az átalakítások során egy empire stílusú, vázákkal díszített négyszögletű bejárati előcsarnokot építettek. Déli oldalhomlokzatán, a szentély falához kívülről hozzátoldott építmény rontja az épület egységét. Egyrészt takarja ablakát, csökkentve ezzel a szentély világítását, másrészt akadályozza, hogy észrevegyék a színesre festett parasztrokokó stílusú piéta domborművet és a Mária-szobrot.
A kápolnának két boltszakaszos hajójú, félkörös záródású szentélye van. Oltárai gazdagon díszítettek. A főoltárképet Bernátfy József plébános rendelte meg Hanisch Mátyás festőtől. Az 1802-ben elkészült oltárkép a pestises szenteket ábrázolja a Szűzanyával. Szent Rókus mellett Szent Sebestyént a kép előterében Szent Rozáliát láthatjuk. A mellékolárkép a Skapulárés Szűzanyát ábrázolja, a budai Stettner Sebestyén festette a 18. század közepén. Az oltárképen a karmelita Stock Szent Simon éppen átveszi a skapulárét, ezt a különleges védőruhát. A feje fölött látható latin felirat magyarul: „Íme az üdvösség jele”. A főoltár mellett, annak két oldalán Szent Vendel és Szent Flórián fából faragott színezett szobra állt, melyeket restaurálásuk után a belvárosi templomban helyeztek el.
A szentély falát balról egy képkeretbe foglalt fakereszt díszítette, mely most a belvárosi templom oratóriumában látható. A templomhajó szentély előtti jobb oldali falára helyeztek egy piétaszobrot. Mennyezetét id. Éber Sándor bajai festőművész 1941-ben alkotott utolsó ítélet freskója díszíti. Meg kell még említeni a bejárattól balra kiképzett fülkében a kétlépcsős, emelkedő talapzaton álló, a megostorozott Krisztust ábrázoló szobrot. A templomtér belül vajszínűre és fehérre festett. A kóruson található, Dangl Antal által 1870 körül épített orgonát, 1910-ben építette át az Angster József és Fiai orgonagyár egymanuálos 4 regiszteres orgonává.
A kápolna külső falain emléktáblák, sírkövek láthatók. Valószínű, hogy ezek nem csak epitáfiumok, hanem legtöbbjének sírkamrája is a kápolna külső fala mellett vagy kriptájában van. Hajdanában ide temetkezett a nemesség és a gazdagabb polgárság, itt nyugszanak pl. azAuer, Császár, Harlikovics, Pilaszánovics családok tagjai is. Itt kapott márványtáblával jelzett végső nyughelyet városunk szülötte, az első független magyar kormány hadügyminisztere, Mészáros Lázár is 1991. március 15-én. A kápolna toronysisakján látható az építés dátuma, alatta óra van, kívül sárgás és fehér színezésű falai. Tetőzete vörösréz lemez fedésű.