Az oklevelek 1323-ban említik először Baja mezővárosát, ez Baja első írásos említése. A bajai plébánost először csak 1423-ban. Már az Árpád-korban is állhatott itt egy kis templom. A középkori bajai plébánia is a bodrogi főesperességhez tartozott. A mohácsi csata után ahogy a délvidék többi településén – néhány kivételével – megszűnt a katolikus hitélet Baján is, a templomot mecsetté alakították át. Buda felszabadítása után egy évvel 1687-ben felszabadult Baja lakóinak többsége délszláv volt. Ekkor érkeztek a ferences szerzetesek is a boszniai Olovo kolostorából a török területről menekülő katolikusokkal együtt. A németek is 1687-től telepedtek le Baján, hiszen az állami hivatalnokok, a kamarai tisztségviselők, a katonák egy része és Baja első iparosai, kereskedői között is voltak németek.
Az első német plébánia megalakulása a 18. század végéhez köthető, valószínűleg az 1708-as kuruc támadásnak lett az áldozata: a templomot lerombolták, a pap a híveivel elmenekült. A szatmári béke (1711) után térhettek vissza a mezőváros elmenekült lakói és újak is érkeztek. A Habsburg Birodalom és a Német-Római Császárság területéről történt nagy állami telepítések közvetlenül nem érintették Baját. A környező sváb községekből, de Baranya és Tolna vármegyék sváb telepes községeiből is, különösen iparosok, szívesen telepedtek le a városban. Magyarok és szlovákok is érkeztek a Felvidékről és a Dunántúlról.
A magyarul és németül beszélő katolikusok Barics Mihály érseki uradalmi tiszttartó közvetítésével és Billard Mihály császári biztos támogatásával kérték, hogy legyen számukra külön plébánia. Gróf Csáky Imre kalocsai érsek a magyarok, németek és szlovákok számára külön plébániát szervezett. Szent Péter és Szent Pál apostolok tiszteletére az első templom építését is 1722-ben kezdték és 1728-ra elkészült. (Addig feltehetően lakóházban voltak a szertartások.) A létrehozott plébánia élére az érsek Schretl Karlmann (Sretli Carolomannus O.S.B.) alsó-ausztriai bencés szerzetest állította, aki a göttweigi bencés kolostorból érkezett. Schretl Karlmann beiktatása 1722. július 21-én történt, a plébánia születési, házassági és elhalálozási anyakönyveit is ettől kezdve maradtak fenn. Az új plébániát ekkor német-magyar-szlavón és horvát plébániának nevezik.
A plébánia első leányegyházai (filiái) Bátmonostor, Csátalja, Szeremle, Kákony és Pandúr, később (Baja)Szentistván (1808-ig) voltak. A 18. század végétől Istvánmegye (1854-től Baja része), és Mátéháza (1818-58). 1781. január 1-től kezdve a délszláv (illír, bunyevác) plébániát is a belvárosi plébániához csatolták. Ettől kezdve általában három (magyar, német, délszláv) káplán volt, de a plébánostól is elvárták a városban beszélt nyelvek ismeretét. A 19. században csak egy plébánia működött Baján. A város lakosságának száma folyamatosan emelkedett, és a bunyevác hívek is többször fordultak az érsekhez, hogy állítsa vissza plébániájukat. Az első világháború után Várady L. Lipót kalocsai érsek 1922. március 1-től két új plébániát hozott létre Baján. Az egyik a ferencesek plébániája, a másik a kiscsávolyi volt. Két évvel később alakult az Istvánmegyei (Józsefvárosi) plébánia. 1929-ben a szentjánosi plébánia is önálló lett. 1995-ben a szentjánosi plébániát a Baja-Belvároshoz csatolták.
A plébánia épületének története
Schretl plébános először egy bérelt házban lakhatott, majd 1723 őszétől a templomtól 600 lépésnyire a piacon kívül volt a plébánia.1727-ben vásárolták meg a temető melletti cipész házát 200 forintért. Az épület átalakításához a sóhivataltól kaptak ingyen fát. Ez a ház a mai plébánia udvari épületének helyén állt, a következő helyiségekből: egy szoba és kamra a plébános részére, egy szoba a káplánnak, egy szoba a szolgáknak, konyha, pince, spájz, istállók.
1775 körül bővítették ismét a plébániát, ami az 1840. május 1-i nagy bajai tűzvészben a lángok martaléka lett. Az adományok segítségével már 1841-ben újjáépítették. A nyeregtetős épület oromzatán lévő kronosztikon emlékeztet a nagy katasztrófára. A vers az eseményt így tudatja:
E’ PAPLAK LÁNGVÉSZI PORÁT SAINÁLVA TEKINTÉKNAGY LELKEK,’S AZT VIIÁ, S SZEBBÉ TENNI SIETTEK:ÉRTŐK EZÉRT FORRÓ SZIV KVLDI IMÁIT AZ VRNAK
A Szent Imre tér 6. szám alatt álló földszintes plébánia egyszerű, klasszicizáló főhomlokzatával délre néz. Az eredetileg téglalap alaprajzú épületet először a Táncsics utca felé bővítették majd, Dr. Gonczlik Kálmán – aki 1922-től volt a plébános – idejében a Szent Imre téren a főbejárattól balra eső négyablakos épületrész építették hozzá. 1980-ban a városi tanács szerette volna lebontani az épületet, vagy más – nem egyházi célra – hasznosítani, de ekkor sikerült azt műemlékké nyilváníttatni és felújítani.
Forrás: Borsay Jenő, Evetovics János, Flach Pál és Fábián Borbála kutatásai alapján