A középkori oklevelek 1323-ban említik először Baja mezővárosát, ez Baja első írásos említése. A bajai plébánost először csak 1423-ban. Már az Árpád-korban is állhatott itt egy kis templom. Baja törökök kiűzése utáni második plébániája, a német plébánia az 1708-as kuruc harcoknak esett áldozatul: a templomot lerombolták, a pap híveivel elmenekült. A 18. század elején folyamatosan nőtt az 1696-ban városi rangot kapott Baja katolikus lakossága. Gróf Csáky Imre kalocsai érsek alapította a német és magyar plébániát, melynek első plébánosát, Schretl Karlmannt, 1722. július 21-én iktatták be. Ekkor a templom az érseki major (Istvánmegye) területén volt, amit Barics Mihály érseki uradalmi tiszttartó építetett. A mai templom szentélye mögött a gimnázium felé 1728-ban épült fel egy kisebb Szent Péter és Szent Pál templom vályogból deszka menyezettel. A kóruson egy négyváltozatú orgona volt a 12 apostol képével díszítve.
A jelenlegi templomot 1742-ben kezdte építeni a hívek adományaiból és a kalocsai érsek támogatásával Fabsics Mihály plébános. 1764-ben szentelték fel. Ekkor 36 méter hosszú és 15 méter széles volt, a 19. századi bővítés után 40.5 méter hosszú és 19.75 méter széles lett, a templomhajó belmagassága 18 méter. A templomtorony 1791 óta 50 méter magas. Az 1840-es nagy bajai tűzvész után a bajai Leopold József bádogos és Novák József ácsmester készítette az új toronysisakot. 1987-ben a templom külső felújításakor a régi formájának megőrzésével új toronysisakot kapott, melynek elkészítése a Szent Imre téren (a templom és a plébánia között) történt. Toronyórája az 1780-as évek óta van, a jelenlegi zenél. A toronyban három harang lakik: Szent Péter és Pál nagyharang, Szent Imre és az Árpád-házi Szent Erzsébet harang. Mindegyiket 1930-ban a bajai harangöntő és toronyóragyáros Bodicsy Sándor öntötte. Baja város a templom külső homlokzatát és lépcsőit Nagy Márton építész tervei szerint 1924-25 között felújította és bejáratát átalakították. Ennek emlékét őrzi a homlokzaton található emléktábla és a bejárat felett a városi címer. 2020 novembere és 2022 novembere között a templom tetőzete és külső homlokzata megújult.
A bejárattól balra a kórus alatt található a Szent Rita kápolna. Prokop Péter pap-festő festményei Szent Rita életéről 1967-ben készültek. Az üvegajtón belépve balról egy barokk Segítő Szűz Mária kép, a máriakönnyei (vodicai) kegykép párja látható, mivel mindkét képet Hanisch Mátyás festette. (Ez a kápolna eredetileg a belvárosi templomhoz tartozott, 1922 óta a Barátok templomához.) Ezen az oldalon az egyik mellékoltárkép Hanisch Mátyás Skapulárés Szűz Mária oltárképe Szent Mihály és Szent Ágnes kis ovális képeivel (utóbbi szintén Hanisch alkotása). A másik Szent József a kis Jézussal, a kis ovális képeken Szent István – az első vértanú – megkövezése és Szent Vendel látható. Az empire stílusú szószék alatt Radicsevics Mátyás apát- plébános (1768 -1828) síremléke látható. A jobb oldalon a kórus alatt Ranics István (1739-1799) apát-plébános emlékköve látható a szenteltvíztartó fölött. Mellette Liseaux-i Kis Szent Teréz szobra Jálics Ernő alkotása 1958-ból. A kórus közelében látható Polimberger György klasszicista stílusú gránit síremléke, amit felesége pacséri Odry Éva emeltetett 1821-ben Jacob Schroth bécsi szobrásszal. Ez egyik legszebb hazai klasszicista síremlék.
Az 1904-ben készült oldalajtó fölé az id. Éber Sándor által készített Jézus Szíve festmény került, melyet dr. Gonczlik Kálmán apát-plébános rendelt egy régebbi Jézus Szíve oltárkép helyett 1932-ben. A mellette lévő oltár a vízenjárók védőszentjét Nepomuki Szent Jánost ábrázolja. Baján napjainkban is élő hagyomány a hajómolnárok, halászok ünnepe a Jánoska-eresztés. A barokk ovális kis képek közül az egyik „Szűz Mária felajánlása“-t, a másik Szent Flóriánt ábrázolja. A szentélyhez legközelebbi mellékoltáron egy lourdes-i Szűzanya szobor látható.
A keresztúti stációkat 1948-ban id. Éber Sándor Éber Annával közösen festette. A mennyezeti freskókat id. Éber Sándor tervezte, és ifj. Éber Sándorral és Éber Annával készítette 1938-ban. A szentély freskóját az 1938-as első budapesti Eucharisztikus világkongresszus emlékére az Oltáriszentséget tartó angyal. A hajó mennyezetképei az 1938-as Szent István év emlékére magyar szenteket ábrázolnak: Szent Imre herceget Szent Gellért tanítja, Szent István átveszi a koronát Asztrik apáttól – az első kalocsai érsektől – a mellettük lévő jeleneten a magyarok keresztény hitre térítését is láthatjuk. A harmadik, kórus felőli freskón Árpádházi Szent Erzsébet oszt alamizsnát. A szentély falán az oratórium ajtaja felett látható Krisztus mindenkit magához hív id. Éber Sándor, a vele szemben lévő Jézus az emmauszi tanítványokkal freskót ifj. Éber Sándor festette. A kóruson látható Szent Cecília képet Éber Anna freskója alapján ifj. Éber Sándor festette. A Krisztus mindenkit magához hív freskó modelljei az Éber család tagjai voltak.
A barokk márvány főoltár herceg Grassalkovich Antal adománya a 19. század közepén új oltárképet kapott korábbi plébánosától, Bartók Mátyás kanonoktól. Joseph Kessler osztrák festő 1857-ben Bécsben festette
Szent Péter és Szent Pál
utolsó találkozását, mikor a vértanúságba indulnak. A tabernákulomot a bajai születésű Sinkó Mihály gombosi plébános adományozta 1906-ban. A szembemiséző oltárt 1980 decemberében szentelték fel. A szentély márványozása 2000. szeptember 24-én, Szent Gellért napján készült el.
A szószék tetején Szent Pál apostol látható a Korinthusiakhoz írt első levelének latinul írt részletével: „a hit, a remény és a szeretet; ezek közül pedig a legnagyobb a szeretet” (1 Kor 13, 13) A szószék mellvédjén a domborművek ószövetségi jeleneteket ábrázolnak. A bűnbeesés jelenetét: Ádámot és Évát, egyben Baja város címere is. A középsőn Mózes vizet fakaszt a sziklából. A szentély felől Melkizedek áldozata látható. A domborműveket elválasztó oszlopok tetején az evangélisták szimbólumai találhatók: sas (János), ökör (Lukács), oroszlán (Márk), angyal (Máté). A templomi padok 1820-ból valók, a gyóntatószékek 1922-ből. Üvegablakai a 20. század elején készültek.
A pécsi Angster Jósef és Fia Orgona- és Harmóniumgyár Rt. 1904-ben 16 regiszteres, két manuálos pneumatikus orgonát készített, amit 1936-ban Schmidthauer Lajos világhírű orgonaművész tervei szerint 29 regiszteresre bővítettek. A hangszert részben átalakították az 1980-as években. 2012 és 2022 között pályázatok, adományok és koncertek segítségével az orgona felújítására és 32 regiszteresre bővítésére került sor. Az 1936-os hangzásvilág megőrzése mellett sokoldalúan használható koncert hangszerré alakult át.
A sekrestyében lévő mocsári tölgyből készült öltöztető szekrény restaurálása után nyerte vissza eredeti szépségét. A sok rétegben felhordott festék eltakarta a több mint 200 éves bútor valódi értékét. Az oratóriumban található az eredeti Szent Cecília festmény 1938-ból, valamint a Rókus kápolnából áthozott feszület. Az oratórium és a sekrestye falait a korábbi stációképek díszítik. A szentély alatt az altemplom, korábban kripta volt.
Forrás:
Flach, Paul: Zur Entstehungsgesichte der deutschen Pfarrei und Pfarrkirche von Baja (München, 1974.)
Fábián Borbála: A bajai Szent Péter és Pál-templom (Baja, 2014.)
Korhecz Papp Zsuzsanna: Mathias Hanisch, késő barokk vándorfestő (Szabadka, 2013.)
A plébánia irattára és a Kalocsai Főegyházmegyei Levéltár